Inicialmente, se creó en Tegucigalpa una oficina de colonización, fundada por la Ley Agraria, y dependía de la Secretaría de Estado en el Despacho de Gobernación y Justicia, la cual controlaba el servicio de los comandantes de puertos y gobernadores de los departamentos, cónsules y agentes de inmigración en el exterior.
En 1965 se creó un departamento especial para que atendiera en forma centralizada todo lo relativo al aspecto migratorio, el cual fue adscrito al Cuerpo Especial de Seguridad, dependiente del Ministerio de Defensa y Seguridad Pública, con un total de siete personas. En el año de 1970 se crea la Dirección General de Población y Política Migratoria, mediante decreto # 34 del soberano Congreso Nacional de fecha 25 de septiembre de 1970, con sede en la ciudad de Tegucigalpa, departamento de Francisco Morazán.
El 13 de Abril de 1971, se organizó con 41 dependencias, y para cumplir sus objetivos se dividió en dos grandes zonas: zona central y zona norte occidental. El 12 de diciembre del año 2003 se aprueba una nueva Ley de Migración y Extranjería, bajo el decreto legislativo No. 208-2003, el cual entró en vigencia el 03 de mayo del año 2004 con nuevas disposiciones que finalizaron en el 2014. Actualmente el encargado de regular la política migratoria del Estado es el Instituto Nacional de Migración que se crea a partir del artículo 6 del decreto Ejecutivo PCM 031-2014 del 02 de Julio de 2014, donde establece que se suprime la Dirección General de Migración y Extranjería contenida en el decreto Legislativo 208-2003 y sus reformas y se sustituye por el Instituto Nacional de Migración.